O EP 'Black Clouds and Underdogs'

Em 14 de março de 2006, uma versão separada do álbum From Under the Cork Tree foi lançada uma EP versão limitada chamada de 'Black Clouds and Underdogs'.O álbum chegou a #9 na Billboard 200 após o seu re-lançamento.
Na capa deste EP mostra a van que a banda sofreu um acidente logo no inicio da carreira de sucesso.
Este EP consistia de um total de 18 faixas, as 13 primeiras sendo do primeiro lançamento de From Under the Cork Tree.Tinham 3 músicas novas e 2 remixes que são as seguintes e nesta ordem:


"Snitches and Talkers Get Stitches and Walkers"BAIXAR
"The Music or the Misery" BAIXAR
"My Heart Is the Worst Kind of Weapon [Demo]"BAIXAR
"Sugar We're Goin Down [Patrick Stump Remix]"BAIXAR
"Dance, Dance [Lindbergh Palace Remix]"BAIXAR